Скачайте (бинарный) дистрибутив FOP вот отсюда.

Распакуйте его куда-нибудь.

Найдите truetype-шрифты от Windows. Положите их куда-нибудь.

Возьмите вот здесь архив с метриками этих шрифтов. Распакуйте его куда-нибудь.

В распакованом дистрибутиве FOP отредактируйте файл conf/userconfig.xml, включив в раздел fonts описания имеющихся у вас шрифтов, примерно вот так:

<font metrics-file="file:///путь_к_метрике_шрифта" kerning="yes" embed-file="путь_к_файлу_шрифта">

<font-triplet name="имя_шрифта" style="normal" weight="normal"/>

</font>

Скорее всего, вам потребуется указать четыре записи для каждого шрифта - normal/normal, normal/bold, italic/normal, italic/bold. Если вам нужно более подробное описание процесса, то вот оно.

Теперь FOP будет правильно обрабатывать fo-файлы с русским текстом в кодировке UTF-8. Если, конечно, указанные в файле названия шрифтов совпадают с добавленными вами шрифтами. Чтобы они совпадали, используйте параметры title.font.family и body.font.family для stylesheet. Запускайте FOP примерно так: JAVA_HOME=путь_к_установленной_java fop.sh -c conf/userconfig.xml fo-файл pdf-файл.

Можно настроить XSL Utility на вызов поправленного FOP. Укажите в качестве FO-процессора Other и задайте команду вызова FOP. Моя команда выглядит так: cd %Td%; env JAVA_HOME=/usr/local/jre путь/fop.sh -c путь/conf/userconfig.xml %T% %O%.

Если вы хотите использовать изображения в формате PNG, вам потребуется Java-библиотека Jimi. Скачайте библиотеку Jimi. Распакуйте ее куда-нибудь. Достаньте из распакованного JimiProClasses.zip. Распакуйте его куда-нибудь. Соберите jimi-1.0.jar, зайдя в каталог с распакованным JimiProClasses.zip и выполнив команду jar cvf ../jimi-1.0.jar . . Скопируйте получившийся jimi-1.0.jar в подкаталог lib каталога FOP.